Nach dem Fall der Berliner Mauer war es 1996 der GPI ein Anliegen, die etwa 16 500 Bildungsmedien, die in der ehemaligen DDR seit 1945 entwickelt wurden, zu erfassen und zu erschließen mit dem Ziel, diese in Form einer Datenbank zeitgeschichtlichen Forschungen zugänglich zu machen. Das durch die VolkswagenStiftung geförderte Projekt nahm über sechs Jahre in Anspruch (1996 bis 2003).
In der Comenius-Datenbank befinden sich über 3000 dokumentierte und bewertete digitale Bildungsmedien. Sie wurden in den vergangenen Jahren mit Comenius-EduMedia-Siegel oder Comenius-EduMedia-Medaillen ausgezeichnet.